Deux modes d'action de base des micro-organismes permettent de contrôler les agents phytopathogènes. Le premier, c'est l'antagonisme qui agit par inter férence avec la croissance et/ou la survie des pathogènes. Les interactions de type antagoniste entre micro-organismes comprennent :

- l'hyperparasitisme : le micro-organisme auxiliaire se développe aux dépens de son hôte nuisible aux végétaux, qui en meurt ;

- la compétition : pour les facteurs nutritionnels (en particulier les sources de carbone et de fer) et/ou les sites d'infection d'un agent pathogène. En traitement de semences, l'aptitude d'un micro-organisme auxiliaire à se développer au cours du développement racinaire d'une plante est appelée compétence rhizosphérique (compétition principalement pour les sources de carbone et d'azote) ;

- la lyse : destruction par fragmentation d'une molécule organique d'une ou plusieurs cellules d'un organisme phytopathogène, sous l'influence d'agents physiques ou chimiques (enzymes, protéines) ;

- l'antibiose : interactions impliquant au moins un composé diffusible de faible poids moléculaire ou une substance antibiotique ou antifongique produite par un micro-organisme auxiliaire qui inhibe la croissance d'un agent pathogène.

Le deuxième mode d'action est la potentialisation des défenses de la plante (PDP) : stimulation de la croissance, de la vitalité, des barrières de défense naturelles (SDP).

Quelques inconvénients à la lutte microbiologique

Les micro-organismes utilisés en lutte biologique tuent leur hôte plus ou moins lentement, ce qui entraîne dans certains cas un manque de réactivité face à une attaque parasitaire. Ils sont par ailleurs exposés à des stress environnementaux (ultraviolets, dessiccations...) pouvant limiter leur persistance d'action. Ainsi, il faut prévoir, si nécessaire, des conditions de stockage et d'utilisation particulières (humidité, températures, luminosité, aération du sol, respect du dosage ou de la densité de population du micro-organisme...) et, parfois, renouveler les traitements. Cependant, la plupart des micro-organismes possèdent des formes de résistance leur permettant de persister dans l'environnement et d'accomplir leurs cycles de vie. Enfin, comme pour les produits utilisés en lutte chimique, les traitements microbiologiques doivent être raisonnés, notamment pour prévenir l'apparition d'éventuels phénomènes de résistance.